Ysis è una ragazza di Gateway orfana dei genitori. Un giorno, stanca dei continui soprusi subiti dallo zio decide di fuggire, ma a causa di un misterioso fenomeno si troverà nel magico mondo di Shinji. Qui incontrerà il giovane re Tefnet, con il quale vivrà lunghe avventure e un sentimento tutto nuovo: l'amore. L'improvvisa minaccia dell'Imperatore Bambino porterà Tefnet a prendere decisioni importanti per difendere il suo regno, tra cui risvegliare il Neolinius, antica macchina da guerra appartenuta a suo padre.