Il 27 giugno del 2020, dopo una mattinata trascorsa in spiaggia, Stefania Leopardi rientra a casa e trova sul cellulare diverse chiamate del suo capo. Dev'essere successo qualcosa di grosso: ad Arezzo, un gatto che ha morso sei persone è risultato positivo a un virus della rabbia, identificato in Russia nel 2002 e poi mai più trovato. Come ha fatto ad arrivare in Italia? E come ha fatto il gatto a infettarsi? Inizia così un'indagine tra tunnel e vecchie case diroccate, al cui termine Stefania Leopardi e i suoi collaboratori riescono a ricostruire il percorso del virus, e a individuare la specie responsabile del contagio. L'innocenza del pipistrello è intessuto di storie come questa, che raccontano come funziona la ricerca scientifica in un settore diventato di grandissima attualità con la pandemia. Nel contempo, vengono approfondite tematiche come l'origine di Sars-Cov-2 e dei suoi rapporti con la prima Sars, quella del 2002, gli eventi di super-amplificazione e la trasmissione degli agenti infettivi, anche dagli uomini agli animali, vengono esplorate le dinamiche delle zoonosi e di virus come Hendra, Nipah, MERS ed Ebola. Il tutto a partire dalla consapevolezza che le nostre connessioni con gli ecosistemi e la biodiversità, anche quella invisibile dei virus e dei batteri, sono molto più profonde, e fondamentali per la salute nostra e del pianeta, di quanto pensiamo.