Bologna, 1604. Un coraggioso alchimista salpa alla volta dell'Africa, seguendo le indicazioni di un antico manoscritto. Ma l'Inquisizione gli dą la caccia, e lui deve nascondersi, fuggire, dimenticare, forse addirittura rinnegare i principi in cui ha sempre creduto. Francia, 1808. Darius Berthier de Lasalle, un nobile sopravvissuto al periodo del Terrore, suo figlio Sebastien, soldato imperiale ferito, e l'amico di infanzia Moran de la Fuente, avventuriero di origini spagnole e amante della bella vita, partono per l'Italia, con l'intento di recuperare un diario scritto da un alchimista nel 1600 e un fantomatico oggetto prezioso a esso legato. Bologna, giorni nostri. Giacomo Bandini scova un diario risalente al diciassettesimo secolo e scritto da un suo omonimo. Leggendolo, comprende che il suo antenato era un alchimista alla ricerca di una misteriosa clessidra, unico oggetto in grado di misurare i tempi di lavoro per il compimento della Grande Opera alchemica.