Gli agenti federali Mulder e Scully vengono assegnati ai casi irrisolti che l'FBI vuole sbrigare con discrezione prima che venga resa pubblica l'esistenza di forze soprannaturali, o innaturali, che li hanno originati. Quella che si trovano ad affrontare in Vortice è una delle morti più agghiaccianti che si possano immaginare: le vittime sono state scorticate vive, ma come e da chi o da che cosa, e per quale motivo? Nel Nuovo Messico, i due agenti si trovano di fronte a un serial killer che non ha precedenti. Un insieme di riti tribali e misteriosi stregoni. Nulla sembra vere senso, non c'è legame tra un omicidio e l'altro tranne il luogo, la vicina riserva indiana, invalicabile e impenetrabile. Ma quale mistero l'avvolge?